El monasterio fue fundado en el año 990 por el rey Bermudo II para, entre otros fines, socorrer a los monjes fugitivos de otras regiones, que buscaron su amparo al ver sus casas destruidas por los ejércitos de Almanzor.   

El rey les donó la villa de Carracedo con todas sus pertenencias, casas, y su palacio, para que construyeran allí una iglesia. Edificaron el monasterio, dedicado al Salvador del mundo.  

Otro ataque de Almanzor lo destruyó casi en su totalidad.  

El rey Bermudo II falleció en el año 999, fecha en la que aún no estaba el monasterio en condiciones de acoger su cuerpo; pese a todo a Carracedo se le conoce como el primer real sitio de España. Pasan años de gran dureza para los monjes, que trabajan incansablemente para levantar las ruinas que dejó Almanzor. De este largo periodo apenas tenemos noticias.  

Ya en el siglo XII, la reina Dª Sancha lo mandó restaurar y desde entonces pasó a llamarse Monasterio de Santa María de Carracedo, con cuyo nombre es conocido actualmente. 

A partir de entonces Carracedo adquirió un enorme prestigio en todo el Norte de España. Se convirtió en un auténtico poderío económico, ya que según las costumbres de la época, los reyes y los fieles hicieron grandes donaciones. Ejerció jurisdicción, además de sobre otros monasterios bercianos, en Galicia, Asturias y León.  

 

Luego siguió una época de decaimiento, pero en el siglo XVI se restablece de nuevo el esplendor religioso de Carracedo. El monasterio tuvo una gran influencia en las gentes del pueblo; los niños acudían a su escuela; los enfermos buscaban remedio a sus enfermedades en el hospital que los frailes cuidaban; y los pobres de la comarca eran recibidos para remediar las necesidades físicas del hambre. 

En el siglo XIX los monjes se dispersan debido a la invasión napoleónica, pero sobre todo por la ley de desamortización de Mendizabal (1835). Es entonces cuando la comunidad desaparece, abandonándose el cenobio y pasando la mayor parte del edificio a manos privadas, con el consiguiente y progresivo deterioro de las dependencias del monasterio, así como  la desaparición de muchas obras de reconocido valor artístico.  

Hasta 1987 el monasterio se encontraba en un estado de abandono y ruina lamentables. En 1988 la Diputación Provincial de León inició la restauración y consolidación del edificio. 

Actualmente pueden admirarse sus grandes valores artísticos. Junto a él está El Palacio Real, más conocido como Palacio de Dª Sancha, el único palacio de los reyes leoneses existente en estas fechas. 

En 1928 fue declarado Monumento Nacional.